HMTE mempunyai beberapa Departemen yang masing-masing memiliki tugas tertentu untuk memajukan HMTE. Adapun departemen di dalam HMTE antara lain :

1. Departemen KASTRAD

2. Departemen PSDM

3. Departemen IPTEK

4. Departemen MINKAT

5. Departemen KOMINFO

6. Departemen PHAL